Consulta laboral. He estado varios días de baja en mi empresa y he comprobado que me descuentan varios días de salario. ¿Es eso correcto?

Mi contrato de trabajo con la empresa es más ventajoso, en algunos aspectos, que el convenio colectivo. ¿Puedo exigir a la empresa el cumplimiento de mi contrato aunque discrepe del convenio? ¿Hay alguna sentencia judicial sobre este tema?